Istotnych przyczyn klimakterium szukać należy znacznie wcześniej. Około czterdziestki, a nawet jeszcze wcześniej występują już nieznaczne zaburzenia czynności ośrodków mózgowych podwzgórza spowodowane przypuszczalnie przez początkowe procesy starzenia się kory i ośrodków podkorowych mózgu. Następuje pewne rozchwianie i rozregulowanie skomplikowanego mechanizmu działania ośrodków podwzgórza, co natychmiast odbija się na przysadce mózgowej i układzie nerwowym wegetatywnym, a przez to na całym organizmie, najwcześniej zaś i najwybitniej na gruczołach płciowych.
Sfera seksualno-rozrodcza jest w ogóle bardzo wrażliwa na wszelkie szkodliwe wpływy. Wiemy, że u kobiet jeszcze młodych przewlekłe choroby wyniszczające i ciężkie warunki życia często powodują długotrwały zanik miesiączek. Ciężkie zmartwienia, wstrząsy psychiczne i choroby umysłowe mogą mieć to samo działanie. Wpływ ten idzie poprzez korę mózgową, podwzgórze i przysadkę, która przestaje produkować hormony pobudzające czynność jajników. W pewnym sensie można by to uważać za mechanizm obronny: w sytuacjach alarmowych i niebezpiecznych organizm zawiesza chwilowo czynności nie mające bezpośredniego znaczenia dla utrzymania życia — oszczędza przez to siły. W normalnym cyklu miesięcznym u kobiety jajnik produkuje dwa rodzaje hormonów. Na początku cyklu rozwija się w jajniku tzw. pęcherzyk Graafa, który wytwarza hormony zwane estrogenami.
W pęcherzyku tym rozwija się komórka jajowa. Estrogeny powodują przerost śluzówki macicy, a zarazem wywierają pewne działanie ogólne. W połowie cyklu pęcherzyk Graafa pęka i jajeczko wydostaje się na zewnątrz jajnika, po czym w pękniętym pęcherzyku rozwija się twór zwany ciałkiem żółtym, który również odgrywa rolę gruczołu dokrewnego, produkując zarówno estrogeny, jak i hormony.